Execute o seguinte comando, antes altere a URL e o tempo, conforme explicação abaixo.
ffmpeg $(youtube-dl -g 'https://youtu.be/Me3JPWpi7fI' | sed "s/.*/-ss 00:03:11.00 -i &/") -t 13 -c copy clip-de-video.mkv
Explicação:
ffmpeg
-ss = define o deslocamento da hora de início
-t = registro de duração ou transcodifique “duração” segundos de áudio/vídeo
-c copy = copia os codecs de áudio e vídeo, o que torna um processo muito mais celere, ao invés de transcodificar.
youtube-dl
-g = simula, silencioso, mas imprime o URL